В данном случае критерий хорошо не хорошо не применим. Когда стоит вопрос о выживании- все приемлемо. Шелуха морали и цивилизации слетает моментально. Ну, а помощников принято поощрять.Во все времена.
Я так понимаю: натворили делов и понимали что победы над регулярной армией вечно длиться не будут. Люди военные, видели что рано или поздно солдаты их сломят и начнутся "чистки". Убежать в Сибирь можно, но бросать нажитое место, дом, семью - это тяжело. Особенно это тяжело для т.н. "старшины" - т.е. зажиточных людей. Потому решили сдать Пугачева, взамен получить амнистию и сделать вид что ничего не случилось.