Все просто, сотрудники посольства были интернированы, 26 июня перевезены в Кострому и впоследствии обменяны на сотрудников посольства СССР в Берлине. http://www.paneuro.ru/main/germany/posolstvo/4.html Если хотите подробней, то в книге Кегеля - В бурях нашего века: Записки разведчика-антифашиста приводится официальный дневник посольства Германии в Москве, в котором зафиксированы события с 22 июня по 21 июля 1941 года.
Можно еще добавить о судьбе посла Германии в СССР графа фон дер Шуленбурга. После начала Великой Отечественной войны Шуленбург со всем штатом посольства был интернирован и затем на границе с Турцией передан немецкой стороне в обмен на советских дипломатов. Остался на дипломатической службе, хотя и не получил нового значимого назначения (он возглавил так называемый «Русский комитет»). Он был причастен к заговору против Гитлера. Рассматривался участниками антигитлеровской оппозиции в качестве возможного кандидата на пост министра иностранных дел (наряду с Ульрихом фон Хасселем). Выражал желание перейти через линию фронта, чтобы от имени заговорщиков договориться о прекращении войны. После неудавшегося 20 июля 1944 года покушения Штауфенберга Шуленбург был арестован и повешен в ночь на 10 ноября 1944 года в тюрьме Плетцензее, в Берлине.