В 1942 г. в освобожденных от гитлеровских захватчиков городах и селах были обнаружены многочисленные зверства и чудовищные насилия, учиненные фашистскими извергами, а также шпионами и изменниками из числа советских граждан. Сотни тысяч ни в чем неповинных женщин, детей и пленных советских воинов были замучены, повешены, расстреляны, заживо сожжены по приказам командиров воинских частей, комендантов городов и сел, начальников гестапо и других представителей оккупационных властей. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 ноября 1942 г. была образована Чрезвычайная государственная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников и причиненного ими ущерба гражданам, колхозам, общественным организациям, государственным предприятиям и учреждениям СССР. Указ предусматривал, что в задачу Чрезвычайной государственной комиссии входит полный учет злодейских преступлений нацистов и причиненного ими ущерба советским гражданам и социалистическому государству, установление личности немецко-фашистских преступников с целью предания их суду и суровому наказанию; объединение и согласование уже проводимой советскими государственными органами работы в этой области. Комиссии предоставлялось право поручать надлежащим органам производить расследования, опрашивать потерпевших, собирать свидетельские показания и иные документальные данные, относящиеся к преступным действиям оккупантов и их сообщников. Председателем комиссии был назначен секретарь ВЦСПС Н.М. Шверник, ее членами - А.А. Жданов, писатель А.Н. Толстой, академики Е.В. Тарле, Н.Н. Бурденко, Б.Е. Веденеев, И.П. Трайнин, летчица В.С. Гризодубова, митрополит Киевский и Галицкий Николай. В местах, освобожденных от немецко-фашистских оккупантов, создавались комиссии содействия ЧГК. Комиссия собрала огромное количество документальных и вещественных доказательств, которые сыграли важную роль в разоблачении главных военных преступников в Международном военном трибунале в Нюрнберге и на других судебных процессах (см., напр.: Сборник сообщений Чрезвычайной государственной комиссии о злодеяниях немецко-фашистских захватчиков. [М.], 1946). Республиканская Чрезвычайная комиссия при Совете Министров Латвийской ССР действовала с 23 августа 1944 г. по 27 июля 1946 г. Ее возглавлял лично первый секретарь ЦК Компартии Латвии Я. Э. Калнберзин. На местах республиканская комиссия образовала 5562 следственные комиссии, в которых были задействованы около 50 тыс. человек. До наступления периода гласности в СССР архивы комиссии находились на секретном хранении; после их открытия обнаружилось, что они содержат колоссальный массив информации. Материалы Республиканской Чрезвычайной комиссии фигурировали, в частности, на процессе 1946 г. в Риге (см.: Судебный процесс по делу о злодеяниях немецко-фашистских захватчиков на территории Латвийской, Литовской и Эстонской ССР. Рига, 1946). 16 марта 1943 г. была утверждено положение о Чрезвычайной государственной комиссии, где сообщалось, что ЧГК собирает документальные данные, проверяет их и по мере необходимости публикует материалы о нацистских преступлениях и материальном ущербе, что она издает распоряжения и инструкции по вопросам, входящим в компетенцию комиссии. Указывалось, что в необходимых случаях ЧГК будет иметь своих уполномоченных в союзных республиках, которые будут подчиняться непосредственно ей. Предусматривалось, что к составлению актов должны привлекаться представители советских, хозяйственных, профсоюзных, кооперативных и других общественных организаций, рабочие, колхозники и служащие. Для ведения дел Чрезвычайной государственной комиссии создавался секретариат в составе а) ответственный секретарь; б) отдел по учету злодеяний, совершенных немецкими оккупантами и их сообщниками против граждан Советского Союза; в) отдел по учету ущерба, причиненного колхозам и совхозам; г) отдел по учету ущерба, причиненного промышленности, транспорту, связи и коммунальному хозяйству; д) отдел по учету ущерба, причиненного кооперативным, профсоюзным и другим общественным организациям; е) отдел по учету ущерба, причиненного культурным, научным и лечебным учреждениям, зданиям, оборудованию и утвари религиозных культов; ж) отдел по учету ущерба, причиненного советским гражданам; з) инспекторский отдел; и) архив комиссии. В соответствии с положением от 16 марта 1943 г. в республиках и областях также были созданы местные комиссии по расследованию преступлений немецко-фашистских захватчиков, которые действовали в тесном сотрудничестве и под руководством Чрезвычайной государственной комиссии. К началу 1944 г. действовало 19 областных и республиканских комиссий.
Многие советские граждане обращались в комиссию, выражая свою готовность оказать помощь в ее работе. Так, 20 ноября 1943 г. к Н.М. Швернику обратился с письмом первоиерарх православной церкви А. Введенский. Он сообщал, что у него имеются документы, свидетельствующие о зверствах фашистов на Северном Кавказе, и предлагал сделать личное сообщение по этому вопросу. Фронтовик Н.Д. Свердлин писал: "Создание Чрезвычайной государственной комиссии принесло всем большое удовлетворение, ибо этим самым наша власть громогласно декларировала о том, что ни одно злодеяние не останется без возмездия". С предложением передать комиссии различные материалы о преступлениях фашистских орд обратился батальонный комиссар 29-й армии Западного фронта Н.В. Харитоненко. Собранные ЧГК материалы уже в 1943 г. позволили провести судебные процессы над военными преступниками в Краснодаре и Харькове, а несколько позже (1945-1946 гг) и в Киеве, Минске, Риге, Ленинграде, Смоленске, Брянске, Великих Луках и других городах. В работе по составлению актов о преступлениях гитлеровцев и установлению ущерба, причиненного захватчиками, приняло участие свыше 7 млн. человек - рабочих, колхозников, инженеров, техников, деятелей науки, культуры, священнослужителей и др. Акты составлялись в соответствии с подробно разработанными Чрезвычайной государственной комиссией инструкциями о порядке установления и расследования злодеяний немецко-фашистских захватчиков и по установлению размеров ущерба. В частности, инструкция по установлению злодеяний, принятая на заседании комиссии 31 мая 1943 г., предусматривала, что расследования проводятся республиканскими, областными и краевыми комиссиями, а в районах, где еще не восстановлена работа местных органов власти, - командным составом частей Красной Армии при участии военных врачей. Факты злодеяний должны были устанавливаться актами на основе заявлений советских граждан, опроса потерпевших, свидетелей, врачебных экспертиз и осмотра места совершения преступлений. При этом следовало установить виновников злодеяний - организаторов, подстрекателей, исполнителей, пособников, их фамилии, названия воинских частей, учреждений, организаций. Акты должны были содержать как можно более точное описание совершенных преступлений. Следовало указывать фамилию, имя, отчество и место жительства граждан, удостоверяющих факт злодеяния. К актам должны были прилагаться все относящиеся к делу документы - протоколы опросов, заявления граждан, заключения медицинских экспертов, фотоснимки, письма советских людей, угнанных в Германию, немецкие документы и др. Акты должны были составляться непосредственно на местах совершения преступлений в месячный срок после освобождения советских территорий. Члены комиссии и сотрудники секретариата выезжали в освобожденные районы, чтобы помочь наладить работу местных комиссий и в целях контроля за проделанной ими работой. Они производили обследование могил и трупов, собирали многочисленные показания свидетелей и освобожденных узников немецких тюрем и концлагерей, допрашивали пленных солдат и офицеров, изучали вражеские документы, фотоснимки и другие улики чудовищных преступлений. Чрезвычайная государственная комиссия рассмотрела и изучила 54 тыс. актов и свыше 250 тыс. протоколов опросов свидетелей и заявлений о злодеяниях фашистов. По данным этих документов, только на территории Советского Союза фашистские палачи убили и замучили во время оккупации миллионы мирных советских граждан и военнопленных. Комиссия рассмотрела около 4 млн. актов об ущербе, причиненном немецко-фашистскими захватчиками, который составлял 679 млрд. рублей (лишь прямой ущерб). На основании материалов расследований Чрезвычайная государственная комиссия составила список руководителей и непосредственных исполнителей преступлений немецких захватчиков, а также лиц, эксплуатировавших советских людей. Опираясь на многочисленные акты, документы, вещественные доказательства, Чрезвычайная государственная комиссия опубликовала за время своей работы 27 сообщений о злодеяниях гитлеровцев, совершенных ими на территории СССР и Польши. Эти сообщения и опубликованные комиссией два тома документов еще раз показали всему миру звериное лицо фашизма, представлявшего смертельную опасность для всего человечества. Акты и сообщения Чрезвычайной государственной комиссии стали одним из важнейших доказательств обвинения в Нюрнберге. Сотрудник комиссии С.Т. Кузьмин был включен в состав советской делегации на процессе.
В состав Чрезвычайной государственной комиссии входил также академик Т.Д. Лысенко. Позднее в её состав был введен один из секретарей ВЦСПС Л.Н. Соловьев. ЧГК была распущена распоряжением Совета Министров СССР 9 июня 1951 года. Однако, несмотря на факт упразднения, в марте 1960 года было созвано её заседание под председательством того же Н.М. Шверника в связи с делом о военнных преступлениях тогдашнего министра ФРГ по делам переселенцев Теодора Оберлендера.