Обергруппенфюрер СС Рейнхард Гейдрих инспектирует школу полиции безопасности и СД в Праге, 1941 год.

13 марта 1941 года, за два месяца до начала войны с СССР, состоялось совещание между Рейнхардом Гейдрихом и генерал-квартирмейстером Генерального штаба сухопутных войск Эдуардом Вагнером о правовом статусе айнзатцгрупп в предстоящей кампании. Уже 4 апреля Вагнер представил Гейдриху проект соглашения о статусе и обязанностях айнзатцгрупп, они были сформулированы так: "Обеспечение в тыловых районах действующей армии сохранности документов, архивов, картотек подозрительных лиц, организаций и групп; задержание лидеров эмиграции, саботажников, террористов. В тыловых районах сухопутных войск - обнаружение и уничтожение враждебных элементов и предотвращение враждебной деятельности со стороны местного населения; информирование командования о политическом положении на оккупированной территории... Айнзатцгруппы будут иметь право в рамках выполнения поставленных перед ними задач и под собственную ответственность проводить экзекуции местного гражданского населения".

При создании айнзатцгрупп Гейдрих столкнулся с рядом трудностей, основной из которой было откровенное нежелание сотрудников РСХА. С большим трудом ему удалось набрать необходимое число; при этом позже многие их них (за исключением небольшого числа патологических личностей) всеми способами пытались вернуться в Германию как можно скорее. Незадолго до начала войны с СССР Гейдрих более конкретно обрисовал айнзатцгруппам их задачи: "Коммунистические функционеры и активисты, евреи, цыгане, саботажники и шпионы, представляющие опасность для действующей армии, должны быть выявлены и казнены без суда и следствия".

В мае-июне 1941 года для действия на территории СССР были сформированы айнзатцгруппы A, B, C, D, во главе которых были поставлены руководители РСХА - Франц Вальтер Шталекер, Артур Нёбе, Отто Раш, Отто Олендорф, соответственно. Кроме того, в 1941 году в Западной Белоруссии действовала айнзатцгруппа особого назначения. Всего, за всё время действия айнзацгрупп, ими было уничтожено более 700 тысяч человек.