Рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер и группенфюрер СС Рейнхард Гейдрих беседует на полевом аэродроме в Польше, осень 1939 года.

Будучи шефом полиции безопасности и СД Рейнхард Гейдрих создал и руководил деятельностью айнзатцгрупп СД - оперативных групп СД и полиции безопасности, которые должны были проводить "зачистку от враждебных элементов" на оккупированных территориях. Первая группа, укомплектованная сотрудниками СД и полиции безопасности - айнзатцкоманда "Австрия" - была создана в 1938 году, и в её задачи входила "зачистка" враждебных элементов на территории Австрии. В сентябре 1938 года было создано еще три уже айнзатцгруппы - "Дрезден", "Вена" и "Брюнн", эти группы должны были проводить массовые аресты во время оккупации Судетской области. Во время оккупации Чехии - Богемии и Моравии - на её территории действовала  сформированная в марте 1939 года айнзатцгруппа I "Прага", в составе четырех айнзатцкоманд - "Будвейс", "Прага", "Колин" и "Пардубитц". Однако действия всех этих групп ограничивались лишь отдельными арестами.

Настоящий террор карательные органы развернули уже после оккупации Польши. Было сформировано шесть айнзатцгрупп СД, имевших порядковый номер, и теперь Гейдрих поставил им конкретные цели: проводить массовые аресты и физическую ликвидацию евреев, польской интеллигенции и других "враждебных элементов". Однако руководство РСХА предпочитало действовать в тайне от командования Вермахта, и официальной задачей айнзатцгрупп была "борьба с элементами, враждебно настроенными по отношению к Рейху и немцам в тылу сражающихся войск, и в особенности - осуществление контрразведывательной деятельности, задержание политически неблагонадёжных лиц, конфискация оружия, взятие под охрану важной документации". А уже 27 сентября Гейдрих докладывал: "От польского руководящего состава в оккупированных областях осталось не более трёх процентов".