Под знамена СС пришли многие представители среднего класса, профессионалы своего (не партийного, нормального) дела, вступившие в NSDAP, но недовольные царящими в СА порядками. Численность охранных отрядов росла медленно, но верно. Гиммлер отбирал лучших из лучших. В конце 1929 г. численность СС достигла 1000 человек, через год она утроилась. Рост СС, элитаризм охранных отрядов вызывал недовольство в СА. Руководство СА предприняло попытку поставить Гиммлера на место - формально СС подчинялись СА.

Напряженная работа Гиммлера к концу 1930 г. начала приносить плоды, Гитлер сделал СС независимыми от СА. Формально СС по-прежнему подчинялись Oberste SA Fuhrung, но отныне ни один командир СА не имел права вмешиваться в дела СС. Тогда же охранные отряды получили свою форму: черное кепи, украшенное черепом с костями, черные бриджи, черный галстук и нарукавную повязку со свастикой.

Структура СС претерпела кардинальные изменения, старая система по десять человек в каждом округе ушла в прошлое. Новая военизированная структура почти копировала структуру СА. Изменения отражали факт равенства СС штурмовым отрядам. СС перестали занимать подчиненные положение по отношению к СА.

Усиление недоверия Гитлера к СА имело под собой почву. Штурмовые отряды слишком разрослись, чтобы держать их под тотальным контролем, к тому же штурмовики не испытывали чувства благодарности ни к партии, ни к самому Гитлеру. Нацизм переживал не простое время. Розенберг призывал свернуть все контакты с большевиками. Штрассер призывал к сотрудничеству с Советским Союзом, а будущий ярый сторонник Гитлера Йозеф Геббельс предложил исключить фюрера из NSDAP.

В Нюрнберге собрался съезд командиров СА, где происходили горячие стычки и дебаты. Гитлер использовал внутренние дрязги СА для выигрыша времени, в течении которого он получил возможность усилить преданные лично ему СС. Геббельс правильно предположил, что Гитлеру удастся выпутаться из передряги невредимым и установить абсолютный контроль над NSDAP. Геббельс превратился из противника в ярого сторонника Гитлера. Будучи партийным гауляйтером Берлина Геббельс тщательно выпалывал СА и партийные ряды берлинской организации от антигитлеровских элементов. Тем не менее, несмотря на все усилия Геббельса и шефа берлинских СС Курта Далюга, мощная столичная организация СА оставалось серьезной угрозой для Гитлера. Конфронтация к августу 1930 г. стала неизбежной.

Спад германской экономики породил множество безработных, часть которых нашло пристанище в СА. Среди штурмовиков имелось и немало уголовников. Штурмовые отряды становились все более неуправляемыми, коррумпированными и криминализированными, но по-прежнему представляли собой значительную силу. В надежде на успешный для NSDAP исход выборов, которые предстояли в сентябре 1930 г., заместитель командира СА Вальтер Стеннис пошел на открытую конфронтацию с Гитлером. Стеннис выдвинул ультиматум: если NSDAP хочет получить поддержку СА, руководство партии должно ограничить влияние гауляйтеров на штурмовые отряды; СА будет обеспечивать безопасность партийных митингов только в случае выдвижения командиров штурмовиков в качестве кандидатов на выборы в Рейхстаг. Гитлер отверг саму мысль о возможных переговорах со Стеннисом. В опубликованных выборных списках NSDAP командиров СА не оказалось, тогда штурмовые отряды в Берлине открыто выступили против руководства партии. 30 августа штурмовики попытались захватить здание, где размещалось партийное руководство берлинской организации NSDAP. Попытку захвата предотвратили охранявшие здание члены СС. Подоспевшая полиция восстановила порядок, арестовав 25 штурмовиков.

Напуганный Гитлер заключил с Стеннисом соглашение, в котором было учтено большинство требований штурмовиков. Занятая Гитлером примирительная позиция в тех условиях требовала определенного мужества. СС показали себя надежной и лояльной вождю организацией, в то время как СА оказались организацией изменчивой. Гитлер получил свидетельства отхода штурмовиков от позиций национал-социализма. СА под руководством Стенниса могли в любой момент развязать новую войну против партии. Пытаясь предотвратить нежелательное для него развитие событий, Гитлер отстранил от руководства СА Пфефера и фон Саломона и вновь призвал Эрнста Рёма. Гитлер настойчиво добивался от каждого члена СА клятвы на преданность лично себе. Стеннис подобное требование воспринял в штыки - новые столкновения стали неизбежными.

1 апреля 1931 г. шеф берлинских СС Далюге проинформировал Рёма о прошедшем в столице секретном совещании командиров СА, на котором было принято решение о дальнейшей конфронтации с Гитлером. Люди Стенниса захватили здание NSDAP в Берлине и помещение партийной газеты "Дер Ангрифф". Люди из СС пытались препятствовать захватам, однако многократный численный перевес был на стороне штурмовиков. Мятеж в столице перекинулся на всю страну. Штурмовики по всей Германии объявили о независимости Стенниса от Гитлера. Однако штурмовики допустили ошибку. Как только СА откололось от партии, сразу же прекратилось и финансирование штурмовиков. Большинство функционеров партии остались верны Гитлеру, не говоря уже об СС. Штурмовики же давно пользовались славой организации со слабой дисциплиной. Большинство сторонников Стенниса вовсе не питали чувства личной преданности своему руководителю. По мере уменьшения финансовых средств, имевшихся в распоряжении Стенниса, таяло его влияние в СА, а поддержка Гитлера росла. Геринг сумел вычистить последних сторонников Стенниса из разрозненных штурмовых отрядов.

Вновь СС проявила себя надежной и лояльной Гитлеру организацией. В награду СС сделали главными партийными силами безопасности. Сбором информации на подозрительных членов партии СС начали заниматься еще в 1925 г., но отныне эта работа становилась одной из первостепенных. Росла численность охранных отрядов - за год, с 1931 г. по 1932 г. численность СС возросла с 2000 до 30 000 человек. Среди людей, рекрутированных тогда в преторианскую гвардию Гитлера, был один из самых опасных и зловещих людей, носивших когда-либо форму СС, - Рейнхард Гейдрих. Гейдрих предложил Гиммлеру план организации секретной службы. Гиммлера план впечатлил, и он дал Гейдриху карт-бланш на формирование секретной разведывательной службы СС - Sicherheitsdienst, SD. Очень скоро агенты СД наполнили всю страну, вся жизнь немцев оказалась опутана паутиной секретной полиции Гейдриха. СС получили власть, угрозы со стороны СА больше не существовало. За семь лет охранные отряды прошли путь от малочисленной группы телохранителей Stosstrupp Adolf Hitler до элитной секретной организации, насчитывающей десятки тысяч членов. И это было только начало.